W nowych realiach zmianie uległ charakter Funduszu – miejsce środków kierowanych na badania i wyjazdy zajęły kwoty przeznaczane na zaspokojenie codziennych potrzeb bytowych. Obok twórców pojawiały się jako beneficjenci osoby przypadkowe, przebywające głównie w Wielkiej Brytanii. Znaczącą rolę odegrała akcja wspierania twórców przebywających pod okupacją – otrzymywali paczki z żywnością i odzieżą. Mogli też uzyskać wsparcie w prowadzonych badaniach, a nawet zawierać umowy wydawnicze. Ta akcja była realizowana przez agendy Polskiego Państwa Podziemnego i Radę Główną Opiekuńczą. Po cofnięciu uznania dla rządu RP na uchodźstwie przez USA i Wielką Brytanię agendy FKN ulokowano w brytyjskim Tymczasowym Komitecie Skarbowym dla Spraw Polskich (Interim Treasury Committee for Polish Questions). Fundusz wygasł w marcu 1947 roku.
Do nazwy Funduszu nawiązał na uchodźstwie minister wyznań religijnych i oświecenia publicznego Władysław Folkierski, który zainicjował w Londynie Fundusz Kultury. W pierwszych latach po II wojnie światowej w kraju również nawiązywano do nazwy FKN.