W Kuratorium byli obecni: premier, marszałkowie Sejmu i Senatu oraz minister wyznań religijnych i oświecenia publicznego. Jako "Protektora Funduszu" obrano Prezydenta RP - Ignacego Mościckiego.
Mimo związku z władzami państwa FKN był niezależny. Charakteryzował się efektywną działalnością - oderwaną od schematów biurokracji ministerialnej. Była to przede wszystkim zasługa dyrektora Michalskiego i jego kontaktów z wybitnymi ludźmi polskiego świata nauki, którzy wywierali wpływ na kierunki działań instytucji. Największe wsparcie finansowe Funduszu otrzymywały Kasa imienia Józefa Mianowskiego oraz Polska Akademia Umiejętności. Do beneficjentów zaliczali się też wybitni ludzie świata nauki i kultury.
Po niemieckiej agresji na Polskę, Fundusz Kultury Narodowej został odtworzony w październiku 1939 przy rządzie RP na uchodźstwie. Początkowo działał we Francji, a następnie w Wielkiej Brytanii. Była to zasługa Stanisława Kota. Do 1940 roku Funduszem kierował Kazimierz Wodzicki, a następnie Jan Hulewicz. Delegatem Funduszu Kultury Narodowej w Szwajcarii został Adam Vetulani. Początkowo Fundusz działał przy Prezydium Rady Ministrów, następnie został włączony do struktur Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. W 1943 roku FKN ulokowano w reaktywowanym na uchodźstwie Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.