Później ponownie przejął dowództwo nad armią w Górnym Renie i pokonał Francuzów pod Mannheimem.
4 czerwca 1796, podczas kampanii włoskiej, rozpoczęło się z kolei oblężenie Mantui. Zdobycia twierdzy podjęła się 9-tysięczna dywizja generała Jeana Séruriera. Na początku lipca pod murami fortecy stanął też Bonaparte z pozostałymi wojskami, powiadomiony jednak, że z Tyrolu na odsiecz podąża 50-tysięczna armia austriacka generała Wurmsera. Rozporządzając jedynie 43 tysiącami żołnierzy, Napoleon rozważał wówczas możliwość odwrotu. Dla zyskania na czasie wysłał przeciw Wurmserowi jednego ze swoich najlepszych dowódców – Andre Massénę, któremu ze względu na dysproporcję sił nie udało się jednak powstrzymać tempa marszu Austriaków. Z podobnym zadaniem wysłany został gen. Pierre Augereau, który również doznał niepowodzenia.
W tej sytuacji na początku sierpnia Bonaparte wydał rozkaz przerwania oblężenia i rozpoczęcia odwrotu. 3 sierpnia von Wurmser wkroczył do Mantui. Wtedy dotarła do niego wiadomość, że 20-tysięczna armia napoleońska pokonała w bitwie pod Lonato, nadchodzący w drugim rzucie 15-tysięczny korpus generała Gvozdanovicia.