Oboje z żoną pracowali tu bezinteresownie, finansując działanie placówki.
Wybuch II wojny światowej zastał Zofię wraz z córką Teresą w Grodnie u Jadwigi Klukowskiej, matki Zofii. Z powodu trudności w poruszaniu się po terytorium zajętym przez Sowietów dotarły do Nowogrodu późną jesienią 1939. Dom Chętników i skansen prawie w całości zostały zniszczone. Zofia straciła wiele pamiątek rodzinnych i patriotycznych nawet z XVI w. Syn wyruszył na front, mąż Adam ukrył się w Warszawie z powodu swojej promazurskiej działalności.
Zofia zamieszkała w Piątnicy, gdzie pracowała jako nauczycielka. Kilkakrotnie w ukryciu spotykała się z mężem. Syn uciekł z niemieckiego obozu jenieckiego, córka w 1941 pojechała do ojca do Warszawy. Po zajęciu Nowogrodu przez Niemców w czerwcu 1941 Zofia wróciła do Nowogrodu, gdzie ożeniła syna i włączyła się w tajne nauczanie dzieci i młodzieży z okolicy.
W 1942 wstąpiła do Narodowych Sił Zbrojnych, a jej dom służył jako kwatera dla żołnierzy. Od 1943 w działalność ruchu oporu włączyła się Teresa Chętnik, która powróciła z Warszawy.