We wrześniu 1944 dom Chętników w Nowogrodzie w związku z naporem wojsk sowieckich na linię Narwi został spalony. Zofia wyjechała do Kolna, by leczyć chorą na tyfus córkę. Rozpoczęła pracę w prywatnym gimnazjum jako nauczycielka francuskiego. Z końcem 1946 przeniosła się do Łomży, gdzie uczyła języków obcych w Państwowym Gimnazjum i Liceum Koedukacyjnym, Liceum Pedagogicznym i Liceum Handlowym. W tym czasie ponownie nawiązała kontakt z mężem, który nadal mieszkał w Warszawie.
Zofia Chętnik przed 1949 zachorowała na raka nerki. Po udanej operacji w Warszawie wróciła z córką do Nowogrodu, zajmując chatę kurpiowską jako zalążek nowego gospodarstwa, które chciała zbudować. Wróciła do pracy w szkole, ale szybko jej stan zdrowia się pogorszył. Zmarła w lipcu 1950. Pochowano ją na cmentarzu przy ul. Kopernika w Łomży.
Życie prywatne mały|Pomnik Adama Chętnika i ławeczki jego żon: Zofii z Klukowskich Chętnikowej (po lewej) oraz Jadwigi z Nowickich Chętnikowej (po prawej) na terenie Skansenu Kurpiowskiego im. Adama Chętnika w Nowogrodzie Była córką lekarza Ambrożego (1856–1900) i Jadwigi z Górskich Klukowskich. Matka dysponowała majątkiem położonym 7 km od Grodna z dworem w miejscowości Balla Konwacka niedaleko Niemna. Zofia miała braci: Włodzimierza i Witolda (ur.