Wraz z ppłk. Josefem Mašínem i kpt. Václavem Morávkiem stworzył grupę, która stała się jednym z symboli antyniemieckiego ruchu oporu – przez Niemców nazywaną Trzema Królami. Ich grupa zbierała informacje dot. funkcjonowania protektoratu i przesyłała je za granicę, a także przeprowadziła szereg operacji dywersyjnych m.in. zamachy bombowe w niemieckim ministerstwie lotnictwa i komendzie policji w Berlinie. „Trzej królowie” usiłowali też bezskutecznie zabić Heinricha Himmlera. Jako wyjątkowo uzdolniony organizator, Balabán odgrywał kluczową rolę w Obronie Narodu – był zaangażowany w utrzymywanie łączności z zachodnimi sojusznikami i ZSRR, ale także budował największą siatkę szpiegowską na terenie okupowanych Czech, która podejmowała się organizacji akcji dywersyjnych i skutecznych działań wywiadowczych.
22 kwietnia 1941 r. został aresztowany przez Gestapo, skazany na śmierć i stracony 3 października w barakach w dzielnicy Praga-Ruzyně. Pośmiertnie awansowany do stopnia pułkownika i odznaczony Krzyżem Wojennym Czechosłowackim 1939.