Najbardziej znanym międzynarodowo przypadkiem jest pionier grawitacji kwantowej , profesor fizyki teoretycznej w Instytucie Ioffego który został rozstrzelany wskutek procesu pokazowego kierowanego przez Iwana Matulewicza oraz opartego na liście stworzonej przez funkcjonariusza Głównego Zarządu Bezpieczeństwa Publicznego NKWD Władimira Cesarskiego i zatwierdzonej przez członków Biura Politycznego KC WKP(b), takich jak Józef Stalin, Wiaczesław Mołotow, Łazar Kaganowicz, Klimient Woroszyłow.
W 1941 roku podpisany został akt o wprowadzeniu laboratorium cyklotronowego do Instytutu. W czasie blokady Leningradu podczas ataku Niemiec na ZSRR część laboratoriów Instytutu była ewakuowana do Kazania, gdzie pracowała pod kierownictwem Ioffego. W 1943 roku w ramach Leningradzkiego Instytutu Fizyko-Technicznego Akademii Nauk ZSRR sformowano Laboratorium nr 2 Akademii Nauk ZSRR, kierował nim Igor Kurczatow i jego otwarcie rozpoczęło radziecki program nuklearny. W 1946 roku w Instytucie uruchomiony został największy radziecki cyklotron.