Tym samym ewentualne zagrożenia dla użytku stają się „zagrożeniem szkodą w środowisku” w sensie tej ustawy, a szkoda w użytku – szkodą w środowisku wymagającą działań zapobiegawczych, naprawczych i ewentualnie kompensacyjnych. Jest to silne narzędzie ochrony, nie w pełni jeszcze w Polsce wykorzystywane; Obowiązkiem ujęcia w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego i w studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego – przy ich najbliższych aktualizacjach. Obowiązkiem uzgadniania decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu dotyczącej użytku z Regionalnym Dyrektorem Ochrony Środowiska. Od marca 2010 r. elementem „minimalnych norm” dla rolników staje się, w granicach użytków ekologicznych (i innych form ochrony przyrody) zakaz niszczenia siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk gatunków chronionych. Naruszenia tego zakazu, zwłaszcza powtarzające się, będą skutkować sankcjami w otrzymywanych przez rolników płatnościach.
Na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 8 ustawy z 15 listopada 1984 (z późn. zm.) o podatku rolnym, użytki ekologiczne są zwolnione z podatku rolnego.