Uznanie za użytek bagna albo łąki V lub VI klasy jest neutralne dla budżetu gminy, jednak uznanie za użytek łąki klasy IV lub wyższej uszczupla budżet gminy o kwotę podatku rolnego od odpowiedniej powierzchni – zwykle trzeba wówczas przekonać gminę, że w długofalowej perspektywie korzyści z użytku będą większe niż te utracone dochody.
Niektóre typy użytków ekologicznych – np. wrzosowiska, murawy, łąki – mogą wymagać ochrony czynnej. Również w przypadku niektórych bagien, pożądany może być jakiś zabieg ochrony czynnej, np. zablokowanie odpływu wody. Sposoby ochrony czynnej w zasadzie powinny być ujęte w uchwale tworzącej, jednak nawet gdy tak się nie stanie, potrzebne działania ochronne zawsze mogą być, za zgodą rady gminy, wykonane. Działań ochronnych wykonywanych za zgodą rady gminy nie dotyczą wówczas zakazy obowiązujące w stosunku do użytku. Jeżeli ochrona czynna wymaga wycięcia drzew lub krzewów, to za ich wycięcie nie pobiera się opłat (art. 86 ust.1 pkt 11 ustawy o ochronie przyrody), choć wciąż obowiązują przepisy wymagające uzyskania