W ostatnich dniach września 1984 prezydent Alfonsín otrzymał kopię sprawozdania końcowego (Informe Final), a dwa miesiące później wydawnictwo Eudeba w formie książki opublikowało podsumowanie składające się z 500 stron. Na podstawie olbrzymiej ilości zgromadzonej dokumentacji ustalono, że prawa człowieka były systematycznie łamane przez państwowy aparat represji. Siły zbrojne siały terror za pomocą dokładnie opracowanej metodologii, która opierała się głównie na wzbudzaniu strachu coraz częstszymi tajemniczymi zaginięciami.
Wnioski W raporcie umieszczone zostało ostrzeżenie mówiące o tym, że ani raport Nigdy więcej, ani Komisja nie posiadają uprawnień do przypisywania odpowiedzialności czy osądzania. Kwestie te mogły zostać rozstrzygnięte wyłącznie przez władze sądownicze.
Ostateczny raport Komisji stanowił podstawę, na której prokuratorzy opierali swoje oskarżenia przeciwko członkom junty wojskowej, m.in. Jorge Rafael Videla i Emilio Eduardo Massera. Śledztwa rozpoczęte przez CONADEP zostały jednak wstrzymane w 1987, kiedy to rząd Raula Alfonsina