Pozycja języka irarutu nie została dobrze ustalona. Nie jest jasne, czy powinien być klasyfikowany w ramach tej gałęzi; być może należy do grupy centralnej. Klasyfikacja wielu języków półwyspu Bomberai i okolic, często słabo poznanych, stanowi przedmiot dyskusji. Ethnologue zalicza języki Raja Ampat do języków zatoki Cenderawasih (w obrębie języków zachodnionowogwinejskich), ale R. Blust (1978) przynajmniej część tych języków powiązał z południowohalmaherskimi (pozostałych nie rozważając w swojej propozycji). A.C.L. Remijsen (2001) uważa języki Raja Ampat za najbliżej spokrewnione właśnie z językami Halmahery, przy czym D. Kamholz (2014) nie uznaje języków Raja Ampat za spójną grupę genealogiczną (w ich miejsce wyróżnia kilka gałęzi). D. Kamholz (2014) próbnie zalicza tu również języki warembori i yoke, czasem uważane za nieaustronezyjskie.