Na wyspie Halmahera dominują języki papuaskie, przy czym na południu wyspy są używane języki austronezyjskie (południowohalmaherskie).
Na Molukach występują także języki austronezyjskie związane z innymi zakątkami Archipelagu Malajskiego, konwencjonalnie klasyfikowane w ramach gałęzi zachodniej języków malajsko-polinezyjskich. Należy do nich chociażby znacznie odrębny malajski wyspy Bacan (reprezentant języków malajskich), który wywodzi się z Borneo. W nowszej propozycji język taliabu z wysp Sula został włączony do grupy celebeskiej języków austronezyjskich. Z kolei językiem sangir (klasyfikowanym w ramach języków filipińskich) posługują się liczni migranci z wysp Sangir (Celebes Północny), zamieszkujący m.in. Halmaherę. Języki ludności Buton i Bajau w północnej części Moluków są używane przez społeczności rozsiane wzdłuż północnych wybrzeży wysp Sula oraz na wyspach Bacan, Kayoa i Obi. Społeczności zwane Buton zamieszkują też Moluki centralne (w tym Ambon, Buru i Seram).