Nieaustronezyjski język oirata, występujący na wyspie Kisar (na południowo-zachodnim krańcu regionu, administracyjnie część prowincji Moluki), jest zaliczany do języków timor-alor-pantar (został przyniesiony przez migrantów z Timoru Wschodniego).
Austronezyjskie języki Moluków wykazują wpływy papuaskiego substratu językowego, co uwidacznia się w ich typologii. Przypuszcza się, że niegdyś znaczna część regionu była zamieszkiwana przez grupy pochodzenia papuaskiego, które wymieszały się z przybyłą później ludnością austronezyjską. Jednocześnie obecność pożyczek filipińskich w dzisiejszych językach północnej Halmahery sugeruje, że Halmahera była wcześniej zasiedlona przez użytkowników któregoś z języków filipińskich – lub doszło do napływu takiej ludności przed rozpadem wspólnego przodka rodziny. Dla austronezyjskich języków Moluków są charakterystyczne pewne cechy nieaustronezyjskie: szyk konstrukcji dzierżawczych possessor-possessum (określnik dzierżawczy przed elementem określanym), formy przeczenia zajmujące pozycję finalną w zdaniu składowym, podział na dzierżawczość zbywalną i niezbywalną;