Podział ten nie jest ścisły i nie pozwala adekwatnie sklasyfikować każdego języka malajskiego; nie ma też charakteru klasyfikacji genetycznej. Odmiany handlowe wykazują wpływy odmian tradycyjnych, a wiele spośród nich przyjęło się w roli języków macierzystych. Zarówno odmiany tradycyjne, jak i handlowe zostały poddane wpływom literackiego języka malajskiego, uznawanego za normę komunikacji oficjalnej. Niektóre regionalne języki malajskie (np. minangkabau) wykształciły własne formy standardowe lub literackie.
Samo wyodrębnianie języków malajskich również bywa kłopotliwe; zdarza się bowiem, że użytkownicy poszczególnych odmian określają swój język toponimami (zwykle nazwami miejscowości), nie wyróżniając większych bytów językowych. Zjawisko to dotyczy południowej części Sumatry, gdzie poczucie tożsamości malajskiej jest stosunkowo słabe.
Kwestia bliższego umiejscowienia odmian ze wschodniej Indonezji (w kategorii języków kreolskich bądź dialektów/języków malajskich) pozostaje nierozstrzygnięta. Wątpliwości budzi m.in. to, czy pierwotny język handlowy faktycznie był pidżynem, a także zasadność tłumaczenia uproszczeń strukturalnych zjawiskiem kreolizacji (jako że przywoływane cechy występują też w pewnych dialektach zachodnich).