Równocześnie Ezra Carr udostępnił Muirowi swoją domową, doskonale skompletowaną bibliotekę. Tamtejszym lekturom i tym w bibliotece uniwersyteckiej oraz wykładom Carra zawdzięcza Muir gruntowne zaznajomienie się z najnowszym stanem badań geologicznych i najnowszymi teoriami glacjologicznymi. Nowatorska forma zajęć wprowadzona przez Carra oznaczała studiowanie zjawisk bezpośrednio w terenie poprzez odczytywanie i interpretację elementów krajobrazu. W listach i dziennikach Muir wielokrotnie składał hołd swojemu "doktorowi" za tę lekcję sztuki patrzenia na krajobraz: „Nigdy nie zapomnę doktora [Carra], który jako pierwszy otworzył przede mną księgę natury” (I shall not forget the Doctor, who first laid before me the great book of Nature).
Kariera uniwersytecka Muira mogła była przyjąć inny obrót w 1962 r., kiedy to okropności amerykańskiej wojny secesyjnej stały się codziennością życia w Madison i Muir postanowił zostać lekarzem. Podzielił się tym postanowieniem ze swoim profesorem, a ten w pełni je poparł, o ile Muir przez dodatkowe dwa semestry będzie studiował chemię.