Do tego jednak nie doszło i zamiast przygotowywać się do studiowania medycyny na uniwersytecie Michigan w Ann Arbor, Muir wraz z dwojgiem przyjaciół udał się latem na wędrówkę geologiczno-botaniczną wzdłuż rzeki Wisconsin, a przez następne miesiące pomagał w domach rodzeństwa przy żniwach, aż w końcu porzucił ideę zostania lekarzem.
W sumie John Muir spędził zaledwie dwa i pół roku jako słuchacz uniwersytetu w Madison, ale jego kontakt z małżeństwem Carrów nie został zerwany dzięki ożywionej korespondencji z Jeanne Carr. Bezpośrednio zaingerowali w jego życie, kiedy w marcu 1867 r. John Muir uległ wypadkowi podczas pracy w fabryce i dzięki ich wstawiennictwu dostał się pod specjalistyczną opiekę lekarską. Także w początkach pisarskiej kariery John Muir skorzystał z pomocy Ezry Carra, gdy ten podsunął jego artykuł naczelnemu redaktorowi „Overland Monthly”; przyjęty entuzjastycznie tekst rozpoczął regularną współpracę Muira z tym miesięcznikiem.