Silikony podróżowały wewnątrz komety w poszukiwaniu nowej planety, na której mogliby rozwijać swoje gatunki. W roku 2115 wszystkie trzy rasy ścierają się w bitwie o przyszłość Ziemi i ludzkości.
Rozgrywka Submarine Titans to strategiczna gra czasu rzeczywistego, której akcja ma miejsce w 2115 roku, niemal wiek po tym, jak kometa uderzyła w Ziemię. Gracz może pokierować dwiema ludzkimi frakcjami: wojowniczymi Białymi Rekinami i naukowymi Czarnymi Ośmiornicami, w celu stworzenia podwodnych baz i walki o dominację nad oceanami. Kometa sprowadziła również tajemniczą rasę kosmitów znaną jako Silikony, która rywalizuje z ludzkimi frakcjami o zbieranie zasobów w celu budowy bramy, która zabierze ich z powrotem do ich ojczyzny. Każda z frakcji ma własną kampanię składającą się z dziesięciu misji, a gracz może rozegrać je w dowolnej kolejności, rozwijając historię z różnych punktów widzenia.