3 marca 1942 r. aresztowano i uwięziono w więzieniu na Łukiszkach profesorów i 81 kleryków seminarium. Klerycy narodowości litewskiej zostali po trzech dniach zwolnieni, pozostałych 5 maja 1942 r. wywieziono na roboty przymusowe do Niemiec. Księży profesorów 18 marca 1942 r. wywieziono do Wyłkowyszek, gdzie byli internowani w litewskim Seminarium Duchownym. W październiku 1942 r. przewieziono ich do obozu pracy w Szałtupiu koło Kowna. Niektórzy z księży trafili także do obozów w Poniewieżyku i Prowieniszkach.
W 1942 r. arcybiskup wileński Mečislovas Reinys otworzył litewskie seminarium duchowne, gdzie przyjmowano jedynie Litwinów i Białorusinów. Rektorem został ks. Vladyslovas Tulaba.
Ponieważ w lutym 1945 r. władze sowieckie zamknęły uczelnię, arcybiskup Romuald Jałbrzykowski przeniósł seminarium do Białegostoku, leżącego w tej części archidiecezji, która pozostała w Polsce. Przeniesiono tu też polskich kleryków, m.in. późniejszego abpa Henryka Gulbinowicza. Od tego momentu kontynuatorem tradycji seminarium wileńskiego było Wyższe Seminarium Duchowne w Białymstoku.
Seminarium wileńskie zostało ponownie otwarte w 1993 r.
Wykładowcy
Absolwenci