Wśród absolwentów uczelni są błogosławieni: Henryk Hlebowicz, Władysław Maćkowiak, Stanisław Pyrtek oraz Michał Sopoćko. Do seminarium uczęszczał architekt Wawrzyniec Gucewicz czy ks. Tadeusz Borkowski.
Liczba kleryków Liczba alumnów seminarium w poszczególnych latach.
Rektorzy + Rektorzy Wyższego Seminarium Duchownego św. Józefa w WilnieLp.Imię i nazwiskoOkres urzędowania Prowizorzy:1.ks. bp Benedykt Woyna2.ks. Andrzej Jurgiewicz3.ks. Marcin Żagiel4.ks. Bartłomiej Cieszyński5.ks. Jerzy Wołłowicz6.ks. bp Jerzy Białłozor7.ks. Benedykt Zuchorski1677–1689 Regensi:8.ks. Włodzimierski1721–9.ks. Aleksander Żebrowski10.ks. Tomasz Szymak11.ks. Walenty Giżyński1736–173712.ks. Samuel Rodkiewicz (rektor)1737–174013.ks. Polkowski1740–14.ks. Sobolewski15.ks. dr Augustyn Dąbrowski16.ks. Jan Niedźwiecki –180817.ks. bp Andrzej Benedykt Kłągiewicz (w latach 1808–1810 kapelan)1810–1816 Rektorzy:18.ks. abp Szymon Marcin Kozłowski1851–186319.ks. bp Ludwik Zdanowicz1863–187020.ks. Maciej Harasimowicz1872–187821.ks. Józef Abelewicz1878–188222.ks. Konstanty Majewski1884–23.ks. Jan Uszyłło1907–194224.ks. Vladyslovas Tulaba1942-194525. ks. Kazimieras Vasiliauskas1993–199526. ks. Eigantas Rudokas1995–199727. ks. dr Hans Friedrich Fischer COr1997–200128. ks. abp Gintaras Grušas2001–200329. ks. Robertas Šalaševičius2003–200830. ks.