UOP i WSI Po zwolnieniu z MSW w 1990 r. niejawnie współpracował z UOP. Później współpracował z WSI (wywiad wojskowy, czyli Zarząd II SG WP, w 1990 r. połączony z kontrwywiadowczą częścią WSW w Zarząd II Wywiadu i Kontrwywiadu, a w 1991 r. został zastąpiony właśnie przez WSI).
Został skrytykowany w raporcie z likwidacji WSI, gdzie zarzucono mu, w związku z prowadzoną w Afganistanie tzw. operacją „Zen”, mistyfikację (Makowski miał podawać nieprawdziwe informacje o możliwości ujęcia w tej operacji Osamy bin Ladena) i wyłudzenie w związku z tym nie mniej niż 100 tys. dolarów z funduszu WSI. Makowski pozwał Ministerstwo Obrony Narodowej za twierdzenia zawarte w raporcie. Następnie pozwał również Antoniego Macierewicza za słowa o tym, że za śmierć polskich żołnierzy odpowiedzialni są talibowie i [...] tacy ludzie jak Aleksander Makowski.
Na początku lat 90. uczestniczył w operacji, mającej polegać na kontrolowanej sprzedaży broni terrorystom irlandzkim;