Wiosną 1940 r. aresztowano wielu nauczycieli szkoły, wywieziono ich do obozów koncentracyjnych w Dachau, Mauthausen oraz do obozów pracy przymusowej w Prusach, gdzie zginęli w tych miejscach. Szkoła nie funkcjonowała, jednak nauczyciele zrzeszeni w Tajnej Organizacji Nauczycielskiej, narażając własne życie, uczyli na tajnych kompletach.
Szkoła w latach 1945–1974 Po wyzwoleniu spod okupacji hitlerowskiej w styczniu 1945 r. w Przasnyszu przystąpiono do organizacji szkolnictwa w mieście. Zdewastowany budynek szkoły był remontowany i porządkowany. Pierwszym kierownikiem szkoły został Kazimierz Milewski, a po nim Jan Bukowski, Jan Mach, a po nim Józef Murawski. 1 września 1948 r. przy Szkole Powszechnej nr 1 powstała jeszcze jedna placówka oświatowa – Publiczna Średnia Szkoła Zawodowa, której dyrektorem został kierownik Szkoły nr 1 Jan Bukowski. W 1949 r. po powołaniu Komitetów Rodzicielskich i Opiekuńczych, Szkoła nr 1 przyjęła opiekę Powiatowego Przedsiębiorstwa Budowlanego w Przasnyszu. W 1951 r. powstał Centralny Ośrodek Doskonalenia Kadr Oświatowych, a szkołą bazową została Szkoła nr 1, Aleksander Drwęcki został powołany na instruktora metodycznego fizyki i chemii. W 1952 r. zarządzeniem Ministra Oświaty Szkoła Powszechna została zamieniona na Szkołę Podstawową nr 1. W 1959 r.