niekiedy postuluje się związki zewnętrzne tych języków, ale pozostają one niedostatecznie wykazane.
Powszechna jest dwujęzyczność (lub wręcz wielojęzyczność). Języki lokalne współistnieją z miejscową odmianą języka malajskiego – malajskim papuaskim. Malajski papuaski rozpowszechnił się w rejonach nadbrzeżnych, a w mniejszym zakresie na górzystych terenach w głębi wyspy. Odgrywa istotną rolę jako regionalna lingua franca. W użyciu jest także język indonezyjski, który ma w kraju status urzędowego oraz stanowi język edukacji, kontaktów formalnych i środków masowego przekazu. Szeroko znany jest potoczny indonezyjski z cechami lokalnymi (opisywany jako ), stosunkowo bliski standardowemu indonezyjskiemu. Różne odmiany malajskiego wraz z językami lokalnymi dają się rozpatrywać w ramach luźno pojętego kontinuum (standardowy indonezyjski – akrolekt, miejscowy indonezyjski – mezolekt, malajski papuaski i języki lokalne – basilekt).