Nie zaleca się stosowania leku u osób nieletnich ze względu na ryzyko depresji oddechowej prowadzącej do śmierci oraz u pacjentów w podeszłym wieku, u których przejawia się zwiększona wrażliwość na substancję oraz potwierdzony przedłużony okres półtrwania. Nie należy stosować fentanylu jednocześnie z lekami grupy SSRI, SNRI czy inhibitorami MAO, bowiem zwiększa to ryzyko wystąpienia zespołu serotoninowego. Nie powinno się jednocześnie przyjmować fentanylu z innymi lekami działającymi depresyjnie na OUN, czyli m.in. benzodiazepiny, alkohol, inne opioidy, leki nasenne, itd.
Wpływ fentanylu na ciążę i laktację Dane dotyczące wpływu fentanylu na ciążę, poród oraz płodność są niewystarczające do postawienia pewnych tez, jednak na podstawie badań przeprowadzanych na innych opioidach, można stwierdzić, że w przypadku ciąży, podczas której matka przyjmowała fentanyl, dziecko może po urodzeniu cierpieć na zespół abstynencyjny (substancja ta przenika przez łożysko). Nie przewiduje się, żeby krótkotrwałe przyjmowanie fentanylu w ciąży, np. podczas operacji, miało znaczący wpływ na zdolności mentalne dziecka. Jednakże według przeprowadzonych badań, długotrwałe stosowanie tejże substancji lub przyjmowanie zbyt wysokich dawek, może wywołać lub zwiększyć ryzyko wystąpienia komplikacji podczas porodu (tj.