1 października 1877, w czasie narastającego kulturkampfu sierociniec został przez władze pruskie czasowo zamknięty. Dzięki wybiegowi katarzynek, po dwóch latach, od 21 listopada 1879 roku, siostrom udało się wznowić działalność. Fortel polegał na tym, że wychowanie dzieci powierzono postulantkom własnego Zgromadzenia, jako rzekomo osobom świeckim, gdyż przed ślubami wieczystymi.
Ponieważ istniejące budynki klasztorne stawały się niewystarczający dla nowych wyzwań wychowaczo-opiekuńczych, dlatego też po drugiej stronie ulicy Klasztornej powstały kolejne dwa obiekty zakonu – współczesnego sierocińca w 1889 roku (Klosterstraße 6, dziś ul. Protmann 4), do którego dobudowano w latach 1895–1896 budynek postulatu i nowicjatu (Klosterstraße 8, dziś ul. Protmann 6). Od 1911 do sierocińca przyjmowano tylko dziewczynki, zwłaszcza objęte obowiązkiem szkolnym, w tym dzieci specjalnej troski. Chłopców przeniesiono do Lidzbarka WarmińskiegoMałgorzata Napiórkowska Działalność wychowawcza i oświatowa Zgromadzenia Sióstr św. Katarzyny w diecezji warmińskiej w latach 1870–1939.Braunsberg / Ostpreussen Unsere Schulen, Aloys Latki, Volksschulen, Heft 63, Sommer 1996..