Może wynikać również z zaburzeń psychicznych, jak upośledzenie umysłowe, zaburzenia obsesyjno-kompulsyjne, całościowe zaburzenia rozwoju, PTSD. Poprzez masturbację dziecko zapewnia sobie z jednej strony redukcję napięcia, ukojenie, nagrodzenie się, z drugiej natomiast zwraca na siebie uwagę opiekunów. Zmierza w ten sposób do zaspokojenia domagającej się tego potrzeby w sposób zastępczy. Prowadzi to do utrwalania takich zachowań. Przeważa tutaj pozaseksualny charakter prezentowanych zachowań.
Jako że świadczy o innym, wymagającym rozwiązania problemie, masturbacja instrumentalna wymaga postępowania psychoterapeutycznego w postaci terapii indywidualnej bądź rodzinnej, niekiedy także leczenia psychiatrycznego. Postępowanie musi zostać dostosowane do wykrytej przyczyny nieprawidłowych zachowań dziecka. Rodzice powinni otrzymać psychoedukację. W szczególności, jako że rodzice masturbującego się dziecka często odczuwają lęk i dążą do jak najszybszego zaprzestania przez dziecko nieakceptowalnych przez nich zachowań, muszą zostać poinformowani, że zabranianie dziecku takiej aktywności czy karanie zazwyczaj nie prowadzi do zaprzestania przez nie aktywności służącej zaspokajaniu deprywowanej potrzeby. Pomocny bywa trening umiejętności rodzicielskich.