Co więcej badanie histopatologiczne służy do potwierdzenia choroby - nie może jej jednak wykluczyć. Brak zmian w pobranych wycinkach nie jest potwierdzeniem braku zapalenia trzustki. Problemem jest również to, że zmiany mogą być rozmieszczone nierównomiernie, co wymaga pobrania wielu wycinków. Niejednokrotnie zmiany mikroskopowe mogą być słabo wyrażone i trudne w interpretacji.
Niektóre analizy histologiczne próbek sekcyjnych pokazują, że mikroskopowe cechy zapalenia trzustki stwierdza się u blisko 2/3 psów i kotów, niezależnie od przyczyny zgonu. Stwierdzano je nawet u blisko połowy kotów, które nie wykazywały żadnych objawów klinicznych choroby.
Bazując na kryteriach oceny histopatologicznej stosowanej u ludzi, u psów i kotów proponuje się 4-stopniową ocenę ośmiu parametrów: naciek neutrofilowy - cecha OZT naciek limfocytarny - cecha wczesnego PZT martwica trzustki - cecha OZT martwica tkanki tłuszczowej - cecha OZT obrzęk włóknienie - cecha PZT zmiany zanikowe - cecha PZT zmiany guzkowate