Równocześnie interesował się ascetyzmem, zapoznał się między innymi szczegółowo z pracami Ewagriusza z Pontu, także w syryjskich tłumaczeniach.
Wojna domowa w Syrii i pierwsze wygnanie thumb|Fragment z kompleksu Yakto w Antiochii, wykonanej w drugiej połowie V wieku. Przedstawia pałac cesarski i katedrę w Antiochii Po ukończeniu studiów Filoksenos przeniósł się, około roku 470, do Antiochii, gdzie trwały walki między zwolennikami i przeciwnikami decyzji soboru chalcedońskiego. Został współpracownikiem antychalcedońskiego biskupa tego miasta, Piotra Folusznika. Zbiegło się to w czasie z eskalacją przemocy związaną z dodaniem przez Piotra do trishagionu Święty Boże, Święty mocny, Święty a Nieśmiertelny uzupełnienia wziętego z anatematyzmatów Cyryla: który zostałeś za nas ukrzyżowany. W kulminacyjnym momencie walk zginął prochalcedoński biskup Stefan, co doprowadziło do interwencji cesarskiej.