Uczelnia miała być zadłużona na ponad 20 milionów złotych, a także nie płacić terminowo zobowiązań wobec swoich pracowników. Zdaniem rektora uczelni, problemy finansowe wynikały m.in. z niżu demograficznego, kiepskiej sytuacji rynkowej oraz kredytu zainwestowanego w siedzibę instytucji..
ALMAMER de facto zaprzestał działalności w 2016GIODO bada sprawę niezabezpieczonej dokumentacji warszawskiej szkoły wyższej AlmaMer., ale w państwowym rejestrze instytucji szkolnictwa wyższego nadal figurował jako działający. Strona internetowa placówki przestała działać na początku 2017Web Archieve..
Opuszczony budynek nie został prawidłowo zabezpieczony przez władze uczelni. Bez należytej opieki pozostawiono m.in. sprzęt dydaktyczny, wyposażenie sal oraz instalacje elektryczne i grzewcze. Wiele z nich padło łupem złodziei oraz wandali. W salach zamieszkali bezdomniUczelnia się zwinęła, dokumenty zostały. Rektor się tłumaczy..