W gmachu uczelni pozostała dokumentacja przebiegu studiów byłych studentów (w tym formularze osobowe, indeksy czy prace dyplomowe), a także akta pracownicze, zgromadzone przez ponad dwie dekady działalności placówki. Dokumenty nie były objęte żadną szczególną ochroną przez dostępem dla osób postronnych czy zniszczeniem. W tej sprawie wszczęte zostało dochodzenie przez prokuraturę, a także Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych, którego inspektorzy skontrolowali 29 lipca 2017 pomieszczenia ALMAMERu, a także przesłuchali świadków wydarzenia. Po interwencji, dokumenty zostały wywiezione ze zdewastowanego budynku uczelniW salach i na korytarzach leżą sterty dokumentów. i umieszczone w miejscu docelowo przeznaczonym do ich przechowywania, a dostęp do nich został ograniczony wyłącznie do wyznaczonych pracowników uczelniInterwencje GIODO w sprawie zabezpieczania danych osobowych przez uczelnie..
W dniu 18 listopada 2017 roku Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego wydał decyzję o cofnięciu pozwolenia na utworzenie uczelni dla ALMAMER Szkoły Wyższej z siedzibą w Warszawie. W związku z tym, z mocy prawa, od 20 listopada uczelnia znalazła się w stanie likwidacji.