Po reorganizacji Legii Naddunajskiej oraz Legii Włoskiej gen. Dąbrowskiego, Teodor Pretwicz pozostał w służbie wojskowej dowodząc 2 kompanią II batalionu 3 Półbrygady Polskiej i wziął udział w wyprawie na San Domingo, gdzie wybuchło antyfrancuskie powstanie byłych niewolników. Na Karaibach przebywał od października 1802 i wrócił pod koniec listopada 1803.
Po zwycięstwie cesarza Napoleona nad Królestwem Prus (1806–1807), Pretwicz, podobnie jak większość dawnych legionistów, wstąpił do armii utworzonego Księstwa Warszawskiego. W stopniu podpułkownika służył początkowo w 5 pułku piechoty, następnie w styczniu 1808 przeszedł do 6 pułku piechoty, a w maju tego samego roku do 7 pułku piechoty, gdzie pełnił funkcję szefa batalionu.
W październiku 1808 Teodor Pretwicz odszedł ze służby czynnej i przeszedł do administracji wojskowej jako komisarz wojskowy 2 klasy. W czasie wojny z Austrią (1809) pełnił stanowisko dowódcy „depozytów piechoty” w Kaliszu, który w tamtym czasie był stolicą departamentu.
W administracji wojskowej pozostał do 1813, kiedy to po przegranej wojnie z Rosją tereny Księstwa Warszawskiego zostały zajęte przez armię rosyjską. Wówczas Pretficz dostał się do niewoli.