W ramach działalności tej grupy w roku 2004 utworzył internetowe czasopismo „Filozoficzne Aspekty Genezy”, którego został redaktorem naczelnym i był nim do roku 2010.
W roku 2015 w uznaniu dla jego dorobku naukowego Uniwersytet Zielonogórski wydał księgę jubileuszową dedykowaną Jodkowskiemu.
Ożenił się z Gerardą Martyniuk (ur. 1951), z którą ma dwoje dzieci, Justynę (1980) i Martę (1988).
Był działaczem Unii Polityki Realnej. W 2001 roku startował do sejmu w wyborach parlamentarnych z listy Platformy Obywatelskiej.
Zapatrywania naukowe W swoich badaniach zastanawia się, czym nauka różni się od nie-nauki i jakie należy postawić kryterium, by je odróżnić. Uważa, że nie istnieje dobre kryterium demarkacji. Nie istnieje bezpośredni kontakt zmysłowy z rzeczywistością, a ludzki układ nerwowy potrafi utworzyć co najwyżej trójwymiarowe symulacje otaczającej rzeczywistości.
W swoich publikacjach podkreśla także istotną rolę filozofii w rozwoju nauki. Zaznacza, że nauka często korzysta ze wsparcia ze strony filozofii. Odcięcie nauki od filozofii prowadziłoby do odcięcia nauki od źródła pomysłów heurystycznych i doprowadziłoby do zmniejszenia alternatywnych prób wyjaśniania rzeczywistości i w konsekwencji do „zasuszenia” samej nauki.