Trzecią dziedziną jego naukowych zainteresowań jest wzajemne oddziaływanie nauki i religii. Jego zdaniem współczesna nauka bez założenia naturalizmu nie może istnieć. Naturalizm zakazuje odwoływać się do przyczyn nadprzyrodzonych przy wyjaśnianiu świata, podczas gdy teizm głosi realność tego rodzaju przyczyn. Ewolucjonizm jest ściśle związany z naturalizmem, który wyklucza światopogląd teistyczny (choć nie deistyczny). Jego zdaniem nie do utrzymania staje się pogląd, że nauka i religia należą do wzajemnie niekrzyżujących się sfer.
Uważa, że nauka jest elementem społeczeństwa i bez niego istnieć nie może, a jej istnienie jest czymś wtórnym. Reprezentujący społeczeństwo politycy mają prawo decydować o tym, ile pieniędzy przeznacza się na naukę, bo istnienie społeczeństwa jest ważniejsze niż istnienie nauki. Efekt jest więc taki, że w razie konfliktu z naukowymi wartości pozanaukowe w nauce dominują.
Jodkowski postawił kreacjonistom bardzo wygórowany wymóg. Jego zdaniem powinni wykazać nie tylko, że nauka czegoś naturalistycznie nie tłumaczy, ale też, że jest to niemożliwe. Sformułował koncepcję epistemicznych układów odniesienia.