Ze względu na fakt, że Markowa i sąsiednie gminy znajdowały się w bezpośrednim sąsiedztwie linii demarkacyjnej III Rzesza – ZSRR, Niemcy jeszcze przed zakończeniem kampanii wrześniowej podjęli próbę wypędzenia miejscowych Żydów do sowieckiej strefy okupacyjnej. 22 września 1939 roku nakazano im przenieść się w trybie natychmiastowym za Bug. W konsekwencji przymusowych transferów ludności, lecz także dobrowolnych ucieczek na wschód, liczba Żydów zamieszkujących w powiecie jarosławskim wynosiła pod koniec 1940 roku zaledwie 6 tys. osób. W Markowej część Żydów opuściła swoje domy, większość zdecydowała się jednak pozostać na miejscu. Latem 1942 we wsi przebywało prawdopodobnie kilkudziesięciu Żydów.
W latach 1939–1942, podobnie jak w innych regionach okupowanej Polski, markowscy Żydzi padali ofiarą dyskryminacji i prześladowań. Władze niemieckie narzuciły im przymus pracy i obowiązek noszenia opasek z gwiazdą Dawida. Ludność żydowską dotykały także rozmaite konfiskaty i rekwizycje. Ponadto jeszcze przed sierpniem 1942 roku Niemcy zamordowali w Markowej co najmniej siedmiu Żydów.