W sierpniu Niemcy zakazali Żydom dalszego przebywania w Markowej. Na „przesiedlenie” zgłosiło się jednak bardzo niewielu Żydów, prawdopodobnie nie więcej jak 6–8 osób. Były to w większości osoby starsze. Zostały one zabrane jedną furmanką do Łańcuta, a następnie podzieliły los mieszkańców tamtejszego getta.
Kilkudziesięciu Żydów, którzy zdecydowali się zignorować niemieckie zarządzenia, było odtąd zmuszonych się ukrywać. Niektórzy znaleźli schronienie u polskich rolników, inni bez wiedzy gospodarzy pomieszkiwali w stodołach i stajniach lub koczowali na okolicznych polach i w lasach. Ci ostatni pojawiali się niekiedy we wsi, aby prosić o żywność lub krótkotrwały nocleg.
Uciekinierów tropiła niemiecka żandarmeria i polska granatowa policja, Między sierpniem a grudniem 1942 roku w okolicach Markowej schwytano i zastrzelono od kilku do kilkunastu Żydów. Część zginęła z rąk policjanta Konstantego Kindlera. Ponadto co najmniej jedna ukrywająca się Żydówka zmarła z wycieńczenia. Inny Żyd, który nie znalazł odpowiedniej kryjówki i w obliczu zbliżającej się zimy, uznał, że dalsze ukrywanie się nie ma sensu, zgłosił się dobrowolnie na posterunek policji.