Podgatunek L. l. togoensis (Neumann, 1907), wymieniony jako ważny na przykład w Finches and Sparrows (2010; wydanie pierwsze: 1993), uznawany jest za synonim L. (l.) nigricollis. Współcześnie akceptowane są następujące podgatunki: amarantka czarnolica – L. (l.) larvata (Rüppell, 1840); amarantka różowa – L. (l.) vinacea (Hartlaub, 1857); amarantka lawendowa – L. (l.) nigricollis von Heuglin, 1863
Filogeneza Amarantka czarnolica to prawdopodobnie gatunek siostrzany wobec amarantki czarnobrzuchej (L. rara). Wskazują na to wyniki trzech badań filogenetycznych opartych na różnych metodach. Pierwsze (2003) obejmowało sekwencje mtDNA 9 z 10 gatunków Lagonosticta. W drugim (2016), obejmującym 7 gatunków Lagonosticta, użyto metody dRADseq (ang. double digest Restriction-site Associated DNA sequencing) do zsekwencjonowania fragmentów DNA genomowego (gDNA), oprócz tego badano sekwencje mtDNA. W trzecim (2020) analizy filogenetyczne przeprowadzono na podstawie dwóch zestawów danych: sekwencje mitochondrialnych genów: cytochromu b i ND2 oraz pięć sekwencji nDNA (DNA jądrowego). Skonstruowano dwa drzewa filogenetyczne: na podstawie wszystkich uzyskanych sekwencji (uwzględniono 5 z 10 gatunków Lagonosticta) oraz tylko sekwencji ND2 (uwzględniono wszystkie gatunki Lagonosticta).