Inna jest pozycja amarantki czarnolicej na drzewie filogenetycznym utworzonym przez Somerton et al. (2004) – stanowi klad bazalny dla kladu obejmującego 5 gatunków Lagonosticta, siostrzanego do kladu złożonego z pozostałych 3 badanych gatunków. Wyniki uzyskane przez Klein i Payne’a (1998) również wskazywały na amarantkę czarnolicą jako klad bazalny dla pozostałych 5 wybranych gatunków, jednak brakowało wielu danych koniecznych między innymi do ustalenia czasu ewolucji (reprezentowanego na drzewie jako odpowiedniej długości gałąź).
Poniżej przedstawiono fragment drzewa filogenetycznego Lagonosticta według Olsson i Alström (2020):
Fragment drzewa filogenetycznego według Somerton et al. (2004):
Moment oddzielenia się linii rozwojowych ustalony w badaniu z 2020 roku jest nieco wcześniejszy według drzewa filogenetycznego opartego na analizie wyłącznie sekwencji ND2 – nieznacznie wcześniej niż 3,5 mln lat temu vs nieco później niż 3 mln lat w przypadku analizy wszystkich wspomnianych sekwencji mtDNA i nDNA.