Do Portugalii powrócił po zwycięstwie rewolucji goździków w kwietniu 1974. W rządach przejściowych pełnił początkowo funkcję ministra spraw zagranicznych (1974–1975), następnie ministra bez teki (1975). W 1975 uzyskał mandat posła do konstytuanty, w 1976 po raz pierwszy wybrany do Zgromadzenia Republiki, utrzymując mandat poselski w kolejnych wyborach w 1979, 1980, 1983 i 1985.
Od 23 lipca 1976 do 28 sierpnia 1978 po raz pierwszy sprawował urząd premiera, stojąc na czele dwóch gabinetów. Od 1977 pełnił jednocześnie obowiązki ministra spraw zagranicznych. Od 9 czerwca 1983 do 6 listopada 1985 po raz drugi stał na czele portugalskiego rządu.
W 1986 wystartował w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze otrzymał 25,4% głosów, przegrywając z Diogo Freitasem do Amaral, którego poparło 46,3% głosujących. W drugiej turze Mário Soares zwyciężył swojego kontrkandydata z wynikiem 51,2% głosów. Zaprzysiężony został 9 marca 1986. W 1991 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję, mając poza socjalistami poparcie także ze strony Partii Socjaldemokratycznej. Zwyciężył wówczas w pierwszej turze, otrzymując 70,3% głosów.