Drugą kadencję prezydencką zakończył 9 marca 1996, kiedy to zastąpił go Jorge Sampaio. Z urzędu wszedł w skład Rady Stanu. Reaktywował założoną w 1991 fundację swojego imienia, a także stanął na czele fundacji Fundação Portugal-África. W wyborach w 1999 z listy Partii Socjalistycznej uzyskał mandat posła do Parlamentu Europejskiego V kadencji, który wykonywał do 2004. Był członkiem frakcji socjalistycznej oraz Komisji Spraw Zagranicznych, Praw Człowieka, Wspólnego Bezpieczeństwa i Polityki Obronnej.
W 2006 ponownie kandydował w wyborach prezydenckich z poparciem PS. W głosowaniu zajął trzecie miejsce z wynikiem 14,3% głosów.
Zmarł 7 stycznia 2017 w Lizbonie, po jego śmierci ogłoszono trzydniową żałobę narodową. Jego pogrzeb państwowy odbył się 11 stycznia 2017, Mário Soares został pochowany na stołecznym cmentarzu Prazeres.
Odznaczenia i wyróżnienia thumb|Mário Soares, 1978 Odznaczenia krajowe Jako prezydent Portugalii z urzędu został Wielkim Mistrzem Wstęgi Trzech Orderów, Orderu Wieży i Miecza, Orderu Chrystusa, Orderu Avis, Orderu Świętego Jakuba od Miecza, Orderu Infanta Henryka, Orderu Wolności, Orderu Zasługi, Orderu Edukacji Publicznej.
W 2024 pośmiertnie nadano mu Wielki Łańcuch Orderu Camõesa.