W czasie kampanii wrześniowej wykazał się determinacją i konsekwencją. Jego postawa kontrastowała z poglądami dowódców, od których zależały losy Grodna w tym czasie. Była także bliska oczekiwaniom wszystkich tych, którzy walkę uważali za absolutny obowiązek i konieczność. Major Serafin uważany jest za faktycznego przywódcę obrońców Grodna, którym towarzyszył niemal do końca. On także otrzymał rozkaz opuszczenia miasta, ale go nie wykonał. Zamiast ewakuacji przystąpił do realizacji planów, uzgodnionych wcześniej z gen. bryg. Józefem Olszyna-Wilczyńskim. Zdecydowany zwolennik stawienia oporu otrzymał zapewnienie, że będzie miał wyłączny wpływ na wszystkie sprawy z tym związane.
22 września po ośmiogodzinnej walce, wraz z oddziałem liczącym około 600 żołnierzy, wycofał się z Grodna w kierunku Puszczy Augustowskiej. Tam walczył jeszcze do 23 września. Tego samego dnia w godzinach wieczornych przeszedł przez granicę litewską i został internowany w Olicie. Później został przeniesiony do obozu w Kalwarii. 21 marca 1940 został zwolniony z internowania przez Komisję Międzynarodową jako inwalida.