forward ASO - zamplifikowany fragment DNA jest immobilizowany (unieruchamiany) na membranie w postaci spotów (punktów, kropek), a następnie nanoszone są znakowane sondy w postaci roztworu; reverse ASO - na membranie immobilizowane są w postaci spotów różne sondy, a następnie nanoszony jest znakowany zamplifikowany fragment DNA w postaci roztworu. W przypadku obu odmian PCR-ASO mniej stabilne hybrydy są rozdzielane poprzez wymywanie w ścićle określonych, dopasowanych eksperymentalnie do konkretnego układu warunkach, a wyniki odczytywane są na podstawie tego, które spoty generują dany sygnał. Na membranie pozostaną hybyrydy wyłącznie w tych spotach, w których sonda i badany fragment (próbka) były do siebie w pełni komplementarne.
Czynniki istotne podczas hybrydyzacji oraz przemywania membrany to:
temperatura, czas, stężenie soli.