Forward ASO W przypadku odmiany forward źródłem sygnału są znakowane sondy. Jeżeli poszczególne sondy są znaczone np. różnymi fluoroforami dla kolejnych wersji (alleli) badanej sekwencji, można w jednym eksperymencie użyć kilku sond. Wówczas konkretny kolor fluorescencji będzie wskazywał jaka sekwencja DNA znajduje się w danym spocie. Odmiana forward pozwala ponadto nanieść na membranę wiele próbek różnego pochodzenia - możemy więc jednorazowo zbadać więcej niż jednego osobnika. Ta odmiana PCR/ASO przydaje się zwłaszcza gdy analizuje się wiele różnych próbek pod kątem niewielkiej liczby alleli, gdyż każdy kolejny zestaw sond wymaga dodatkowego cyklu hybrydyzacji.
Na początku stosowano znakowanie izotopowe, a wyniki otrzymywano na błonie rentgenowskiej. Inne protokoły wykorzystywały biotynylację sond, wizualizacja następowała za pomocą streptawidyny i peroksydazy chrzanowej - wyniki odczytywano za pomocą kolorymetrii.
Reverse ASO Ta odmiana wykorzystywana jest, gdy konieczne jest badanie wielu różnych alleli. Sondy można immobilizować na membranie na kilka różnych sposobów, np.:
sondy mają tzw. ogon poli-T na końcu 3' i są mocowane do membrany za pomocą promieniowania UV; przez grupę aminową dodaną na końcu 5'.
Analizowane produkty PCR mogą być znakowane analogicznie jak sondy w odmianie forward.