W XI w. obok klasztoru rozwinęło się uzależnione od niego miasto Fulda, którego dobrobytowi sprzyjały związane z klasztorem intensywny ruch pielgrzymkowy i przyjazdy osób zainteresowanych nauką. Z czasem stało się międzynarodowym centrum handlowym.
XIII w. przyniósł pewien upadek klasztoru. Nasilały się konflikty zewnętrzne (z mieszczanami z Fuldy, okoliczną szlachtą, a także sąsiednimi feudałami, w tym landgrafami Hesji, biskupami Würzburga i arcybiskupami Moguncji) i wewnętrzne – między opatem a zakonnikami. Klasztor utracił wiele ze swych dóbr, choć wciąż miał największe posiadłości spośród wszystkich klasztorów niemieckich. Od początku XIV w. opaci rezydowali w znajdującym się poza klasztorem zamku, a zakonnicy walczyli o niezależność od nich i większe kompetencje prepozytów. Z czasem rola opatów w zarządzaniu samym klasztorem została zminimalizowana.
Pod koniec XV w. klasztor musiał zastawić większość ze swoich dóbr. W 1525, podczas wojny chłopskiej, klasztor został splądrowany, a opat uciekł z Fuldy – powrócił do niej dopiero po pokonaniu powstańców przez landgrafa Hesji Filipa. W 1552 klasztor został ponownie zniszczony i pogrążył się w ogromnym kryzysie.