12 lutego 1988 roku została uchwalona ustawa o Muzeum Narodowym. Na jej mocy podporządkowano Muzeum bezpośrednio kancelarii Premiera. Utworzono kompleks muzealny z trzech budynków w parku Rizal. W jego skład weszły: dawny budynek parlamentarny, budynek Departamentu Finansów i budynku Wydziału Turystyki. Jeszcze w 1998 roku w budynku Wydziału Finansów otwarto Narodowe Muzeum Antropologiczne. W 2000 roku w budynku parlamentarnym powstało Narodowe Muzeum Sztuk Pięknych, a w trzecim budynku powstało Narodowe Muzeum Historii Naturalnej. W 2019 roku na mocy ustawy oficjalna nazwa muzeum została zmieniona na Muzeum Narodowe Filipin.
Oddziały
Narodowe Muzeum Sztuk Pięknych Narodowe Muzeum Sztuk Pięknych, dawniej zwane Narodową Galerią Sztuki, mieści się w starym budynku legislacyjnym. Budynek zbudowano w latach 1918–1921 dla biblioteki publicznej według projektu amerykańskiego architekta Ralpha Harringtona Doane'a i jego asystenta Antonio Toledo. Gmach został otwarty 16 lipca 1926 roku. Na parterze mieściła się Biblioteka Narodowa, a górne piętra zostały zajęte przez Senat i Izbę Reprezentantów. Podczas II wojny światowej budynek został poważnie uszkodzony. Po wojnie odbudowano go. Biblioteka Narodowa wyprowadziła się do nowego gmachu w 1960 roku, a Senat w 1996 roku.