Na dwa dni przed śmiercią Františka Onderka otrzymał od niego specjalne pełnomocnictwa do zarządu administraturą apostolską. 29 października 1962 bez prekonizacji, a jedynie na podstawie decyzji władzy świeckiej objął funkcję ordynariusza w Czeskim Cieszynie. Jego nominacja była niezgodna z prawem kanonicznym i nie została uznana przez Stolicę Apostolską. Jego wizyty w Watykanie celem uzyskania zatwierdzenia na urzędzie i zgody na sakrę biskupią były ignorowane przez Kurię Rzymską i traktowane jako prywatne. Podjęte przez Antoníniego Veselýego próby uzyskania audiencji u papieża Pawła VI nie doszły nigdy do skutku.

W latach 1962–1978 działał faktycznie samowolnie jako ordynariusz w Czeskim Cieszynie. Jego pozycja w patriotycznym ruchu katolickim i ochrona ze strony władzy czechosłowackiej spowodowały, że nie został nigdy oficjalnie potępiony karami kościelnymi przez Stolicę Apostolską. Zarządzając administraturą apostolską kierował się zasadą divide et impera. Wierni oskarżali go, że żył w konkubinacie i korzystał z przywilejów przynależnych dygnitarzom partyjnym. Zarzucano mu, że nienależycie gospodarował powierzonym mu majątkiem kościelnym oraz odbywał liczne, prywatne wycieczki zagraniczne.