Od końca sierpnia 1940 szef Samodzielnego Referatu „S”, od 4 maja 1942 do stycznia 1944 szef Wydziału Specjalnego (S) w Oddziale VI (Specjalnym) Sztabu Naczelnego Wodza.
Stał się pionierem i spiritus movens przerzutu lotniczego do Kraju (…) Był twardy, konsekwentny i nieustępliwy w postępowaniu z Anglikami. Pełen pomysłów, inicjatywy i wizji. W swojej pracy napotykał stale na przeszkody tak ze strony Brytyjczyków, jak i rodaków. W tych zmaganiach przyświecał mu tylko jeden cel. Za wszelką cenę dopomóc Polsce Walczącej. To on pierwszy odkrył infiltrację i wpływy sowieckie w Wlk. Brytanii, Stanach Zjednoczonych i w polskim Londynie.
Od stycznia do 1 września 1944 komendant Głównej Bazy Przerzutowej (Baza nr 11, kryptonim „Jutrzenka”) w Latiano, 20 km od Campo Casale nieopodal Brindisi (Włochy), skąd startowały m.in. samoloty 1586 Eskadry Specjalnego Przeznaczenia (także 148 Dywizjonu RAF) do Polski. Do 31 lipca 1944 wystartowało do Polski 340 samolotów (179 polskich i 161 brytyjskie), wykonało zadanie 178 załóg (104 polskie i 74 brytyjskie). Podczas Powstania Warszawskiego, w okresie od 1 do 22 sierpnia 1944 wystartowało 146 samolotów (59 polskich, 87 brytyjskich i południowoafrykańskich), wykonało zadanie 69 (33 polskich i 36 brytyjskich oraz południowoafrykańskich).