Kilka tygodni później, w wieku 23 lat, z powodu przewlekłej kontuzji musiał zakończyć piłkarską karierę.
Kariera szkoleniowa Przygodę szkoleniową zaczynał w małych baskijskich klubach. W 1978 trafił do Athleticu, w którym przeszedł wszystkie szczeble trenerskiego wtajemniczenia, aby w trzy lata później objąć stanowisko pierwszego trenera.
W 1983 po prawie trzydziestoletniej przerwie odzyskał dla Bilbao tytuł mistrza kraju. Wynik ten powtórzył rok później, dokładając Puchar Hiszpanii. Młoda drużyna z Urquiagą, De Andrésem, Urtubim, Argotem i bramkarzem Zubizarretą, wspierania doświadczonymi Danim i Andonim Goikoetxeą w kolejnych sezonach zajęła trzecie i czwarte miejsce w lidze. Znana była z ofensywnego i agresywnego stylu gry.
W 1986 Clemente przeniósł się do Espanyolu Barcelona. W sezonie 1987–1988 dotarł z nim do finału Pucharu UEFA, w którym Espanyol uległ w dwumeczu (3:0 i 0:3, karne 2:3) Bayerowi 04 Leverkusen z Polakiem Andrzejem Buncolem w składzie.
Na początku lat 90. baskijski szkoleniowiec doprowadził do wicemistrzostwa kraju Atlético Madryt oraz ponownie, tym razem znacznie krócej i bez większych sukcesów, pracował w Athleticu i Espanyolu.