W I połowie XVII wieku w celu koordynacji działań powstała watykańska Kongregacja ds. Ewangelizacji Narodów. Jej głównym zadaniem było uregulowanie zasad na których system misyjny miał funkcjonować. W dekretach z lat 1645, 1693 i 1709 znajdowały się zakazy dotyczące przenikania się kultur, a w XVIII wieku zostały uznane za herezje przez papieża Benedykta XIV. Misjonarze byli często orędownikami ludów tubylczych przed zakusami kolonialnych potęg (redukcje misyjne), co zainspirowało m.in. film Rolanda Joffé Misja. Kolejnym okresem sukcesów misjonarskich była I połowa XX wieku, co wiązało się z ekspansją kolonialną Europejczyków w Afryce i Azji.
W czasach nowożytnych działalność misjonarzy prawosławnych po podboju Bizancjum przez muzułmanów ograniczała się w dużej mierze do posiadłości rosyjskich. Do dziś na Alasce istnieje spora mniejszość autochtoniczna wyznająca chrześcijaństwo prawosławne.
Chrześcijaństwo orientalne prowadziło działalność misyjną na szeroką skalę w Azji, docierając nawet do Chin. Wraz z przejściem Mongołów na islam ten odłam chrześcijaństwa zniknął jednak niemal z całego kontynentu (z wyjątkiem niewielkich mniejszości na Bliskim Wschodzie, Iranie i Indiach).