Misje protestanckie były początkowo ograniczone. Dopiero powołanie Baptystycznego Towarzystwa Misyjnego w 1792 i Londyńskiego Towarzystwa Misyjnego w 1795 rozpoczęło szerszą działalność protestantów wśród ludów innych kontynentówHistoria misji protestanckich. Współcześnie, głównie dzięki zielonoświątkowcom, jest ona bardzo żywa (np. w Chinach).
Działalność misyjną prowadzą także przedstawiciele mniejszych wyznań. Szczególnie znani są Świadkowie Jehowy i mormoni.
Działalność misyjna wiązała się i do dziś się wiąże z wprowadzaniem zdobyczy cywilizacyjnych oraz zatraceniem rodzimych wierzeń etnicznych. Współcześnie jest to przez etnologów uznawane za niepowetowaną stratę, gdyż misjonarze zazwyczaj docierają wcześniej do nowo odkrytych, coraz mniej licznych, kultur pierwotnych, niż ekspedycje placówek naukowych, dysponującymi zazwyczaj ograniczonymi środkami (głównie finansowymi) na tego rodzaju badania. Z drugiej jednak strony misjonarze oprócz orędzia chrześcijańskiego przynoszą ze sobą pomoc medyczną i ekonomiczną. Misyjne punkty medyczne w krajach Trzeciego Świata są często jedynym sposobem na zapewnienie podstawowej opieki medycznej dla ludności lokalnej.