Później przez pięć lat był trenerem drugiej drużyny Realu.
Samodzielną pracę z zespołem seniorów rozpoczął w 1995 roku, w pierwszoligowym Realu Valladolid, z którym na koniec sezonu 1995–1996 zajął szesnaste miejsce w lidze. Później pracował w drugoligowej Osasunie Pampeluna oraz Extremadurze Almendralejo, z którą najpierw wywalczył awans do Primera División, by po roku znów zawitać do drugiej ligi. W rozgrywkach 2000/2001 był trenerem również grającej na przedsionku ekstraklasy CD Tenerife Santa Cruz.
Kiedy latem 2001 roku szefowie Valencii pożegnali się z Héctorem Raúlem Cúperem, ku zaskoczeniu większości obserwatorów nowym trenerem został właśnie Benítez, który wówczas razem z Tenerife przygotowywał się do powrotu do I ligi. Już w pierwszym sezonie spędzonym w Walencji 42-letni madrytczyk zdobył mistrzostwo kraju. Kiedy w 2004 roku odchodził do Liverpoolu miał na swoim koncie dwa tytuły mistrza Hiszpanii oraz pierwszy w historii klubu Puchar UEFA.