Podczas pracy w Chelsea zdobył puchar Ligi Europy.
24 maja 2013 roku ogłoszono, że po wygaśnięciu jego kontraktu z Chelsea, zostanie trenerem SSC Napoli.
3 czerwca 2015 został trenerem Realu Madryt, zaś 4 stycznia 2016 po remisie z Valencią zwolniony z tej funkcji.
11 marca 2016 został trenerem Newcastle United. 25 maja 2016 przedłużył umowę z klubem do 2019 roku, pomimo spadku zespołu do Championship. 24 czerwca 2019 roku klub ogłosił, że Benitez opuści stanowisko trenera po wygaśnięciu kontraktu.
2 lipca 2019 roku podpisał dwuletnią umowę z Dalian Professional, natomiast 23 stycznia 2021 ogłosił, że opuścił klub za obopólną zgodą, z obawy o zdrowie i dobro swojej rodziny spowodowane pandemią COVID-19.
30 czerwca 2021 został mianowanym trenerem Evertonu, gdzie podpisał trzyletni kontrakt, zastępując Carlo Ancelottiego. Zanim podpisał kontrakt, spotkał się z groźbami ze strony grupy kibiców Evertonu, którzy sprzeciwiali się jego nominacji i pozostawili w pobliżu jego domu transparent z napisem: „Wiemy, gdzie mieszkasz. Nie podpisuj”. Benitez jest dopiero drugą osobą zarządzającą klubami Liverpool i Everton, od czasów Williama Edwarda Barclaya w latach 90. XIX wieku. Po porażce 2:1 z ostatnim w tabeli Norwich City na Carrow Road, Benitez został zwolniony ze stanowiska 16 stycznia 2022 r.